Bien que le fait reste encore aujourd’hui controversé, il semble que l’art du bonsaï soit né en Chine et non au Japon, sa patrie actuelle. Un distinguo subtil attribue aux Chinois non la paternité de la culture de l’arbre isolé en coupe, mais celle d’arbres miniaturisés, participant aux décors de petits jardins de rocailles appelés «pun-ching». Cet art du paysage miniature (du jardin japonais, serait tenté de dire l’Européen ignorant...) remonte au IIIe siècle de notre ère, et plus précisément à la dynastie des Han. Dès avant cette époque, il semble qu’on ait également pratiqué en Chine l’art du «punsaï», c’est-à-dire la culture d’arbres miniatures en pot.

Si l’on sait de façon certaine que l’on cultivait des arbres miniatures en pot au Japon dès le IXe siècle (comme en témoignent certaines archives iconographiques bouddhistes de cette époque), il est certain que ce n’est qu’au XIIIe siècle, au plus tôt, que l’art du bonsaï entre véritablement dans les traditions japonaises. Une tradition qui reste cependant confidentielle jusqu’au XVIIe siècle, au moins. Elle demeure pendant longtemps l’apanage de la noblesse et des prêtres qui lui confèrent un caractère philosophique et sacré.

Il faudra attendre le début du XIXe siècle pour que l’art du bonsaï devienne vraiment populaire, touchant toutes les couches de la société.

C’est en France, à l’Exposition universelle de 1878, que sont présentées, pour la première fois en Europe, de véritables collections de bonsaï. L’accueil n’est pas enthousiaste, comme en témoigne le « reportage » du chroniqueur du Journal hebdomadaire de l’exposition, en visite au pavillon japonais « La curiosité végétale de ce jardin, c’est la forêt en miniature, le massif forestier si l’on préfère, composé d’arbres géants dans leur état naturel, dont les Japonais, comme les Chinois, excellent à arrêter le développement jusqu’à pouvoir les conserver dans un pot à giroflée. Cet art ne nous séduit guère, mais ce n’est pas une raison pour n’en point tenir compte.»

Ce goût qui nous paraît bizarre, ce caprice qui nous semble puéril, est une des faces diverses et multiples de leur passion dominante.» Si le bonsaï n’est pas encore adopté en France, il est du moins remarqué. La description qui est faite des sujets exposés témoigne qu’il s’agit de vrais bonsaï, au sens où nous l’entendons aujourd’hui. La documentation du chroniqueur atteste qu’il a eu connaissance de la technique de la ligature, acte essentiel dans la culture du bonsaï, mais aussi qu’il lui a été donné de voir des sujets âgés d’un ou plusieurs siècles.

En 1909, les Anglais réserveront un meilleur accueil encore au bonsaï lors de l’exposition universelle de Londres, ces jardiniers nés, qui soignent leur pelouse comme un bijou de famille, trouvant là de quoi faire vibrer une corde horticole particulièrement sensible. Dès lors, le bonsaï devient objet d’exposition, trahissant quelque peu son caractère intimiste ancestral. Il faut pourtant attendre 1914 pour que soit organisée, à Tokyo, la première exposition nationale. Cette manifestation s’y tient désormais tous les ans.